Реагентно-программный комплекс «Реагент-Био» для детекции патогенных биологических агентов
Нами были выполнены работы по созданию реагентно-программного комплекса «Реагент-Био» для высокопроизводительной детекции патогенных биологических агентов.
Основное применение комплекса – сравнение секвенированных последовательностей образцов ДНК и РНК, полученных из крови человека или любого другого биообразца, с уже известными расшифрованными последовательностям. На основе этого сравнения возможно сказать, содержится ли в биообразце части различных патогенов (в том числе SARS-CoV-2, вызывающий COVID-19), маркеры генно-инженерных манипуляций, гены токсинов, гены антибиотико-резистивности, факторов вирулентности или 16s рРНК. База данных уже известных последовательностей на данный момент содержит более 10 миллионов записей цепочек ДНК и РНК и постоянно пополняется.
Была разработана веб-платформа, в состав которой входят: • backend и frontend части; • модуль баз данных генетических последовательностей ДНК и РНК; • модуль обновления баз данных генетических последовательностей ДНК и РНК из различных открытых сервисов; • модули обработки данных.
Это совместный проект с ФГБУ «НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России в рамках ФЦП «Национальная система химической и биологической безопасности Российской Федерации (2015—2020 годы)».